質問者が納得どちらか片方だけで開かれるようになっているはずなので、アプリ一覧から「設定」を開き、「アプリケーション」→「アプリケーションの管理」から自動で開く方のアプリを選択し、「デフォルトでの起動」の下にある「設定を消去」をタップしてください。
どのアプリがデフォルト起動に設定されているのかを検索してくれるアプリもあります。
https://market.android.com/details?id=jp.baroqueworksdev.searchcleardefaults
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