質問者が納得サンプリングレートは48000KHzでないとマズイようです。
http://www22.atwiki.jp/is03/pages/28.html
コーデックが違うという事ではありません、
スマホ等で再生する場合には「制約がある」と考えて下さい。
参考ですが、「携帯動画変換君」
http://mobilehackerz.jp/contents/3GPConv
http://star.ap.teacup.com/parttimermana/1576.html
等でも変換できるようですよ。
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