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Q9550とGA-EP45の組み合わせは問題ないと思います。私も先日その組み合わせで1台組みました。(購入したものはRev1.1になっていました)
HDDもいい選択じゃないでしょうか
DVDドライブはシリアルATAを選んでおられますが、特にSATAにこだわる必要がなく、もっと安価にPATAのものが手に入るのならそちらでもよさそうです。M/BのUD3Rには光学ドライブ用に従来のATAのコネクタも付いていますし。
メモリーもセット品なのでデュアルチャネル動作にも問題ないでしょうし、OSに32bit版を予定されているのであれば、容量もOKでしょう。
キーボード・マウスなどは大丈夫ですか?
私はPS/2のキーボードなのでいいのですが、USBキーボードはBIOSの設定を変えないと認識しないことがあるようです。BIOSの設定を変えるにはキーボードがいりますから、一時的でもPS/2が使える環境ならいいですがUSBしかお持ちでない場合注意してください。

KDL-20M1はPCモニターとして使用できます。色には好みが合って目が疲れるかもしれませんが。取説のP23とP105をちゃんと読んでくださいね。
接続はPC端子であればアナログ接続になるし、HDMIであればデジタル接続になります。モニターケーブルとしてDVI-HDMIタイプのものを忘れずに購入してください。
ただ、解像度が1360×768しかでないので、本体の割りにモニターが・・・と言うところではあります。
そのクラスであれば、エンコードしながら動画編集とかかなりのマルチタスクにたえらるので、Windowは広いに越したことありません。

OSは除くとありましたが、今だと販売店によってはCPU等と同時購入できるDSP版のWindows VistaにWindows7アップグレードサービスをつけたものが販売されていますので、今はこれがおすすめですね。

互換性というのは???ですが、仕様の整合性ということであれば問題ないと思われます。

一つ難があるとすれば、電源が・・・。容量はいいのですが、もう少し高級なクラスの物を使用されたほうがいいと思います。80PLUS認定製品にするなど。