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ＨＣ９で撮影したデータの保存方法の話なのに、先の質問で他の回答者のかたが、Ｍｐｅｇ４、Ｈ．２６４で保存すべきなどと、的違いの事を言われるから、ややこしくなっただけです。

ＨＣ９はご存じの通りＨＤＶ記録になりますから、もともとＭｐｅｇ２圧縮されたデータなのです。
一方、家庭用の最新のカメラでは、ほとんどがＡＶＣＨＤ方式によるＨ．２６４圧縮になっています。

一概にどちらが優れているとは言い難いのが現状ですが、ＡＶＣＨＤの転送レートの高いものは、見た目ＨＤＶより綺麗に動きに対してもスムースに見える場合もあります。

しかしいずれにせよ、びっくりするくらいの圧縮率で圧縮された映像なのです。ＨＤ映像は。
本来のＨＤ（ハイビジョン）映像は、そのまま非圧縮で転送・保存しようとした場合、１．５Ｇｂｐｓの高い転送レートが必要です。
（局レベルでの編集は、この非圧縮での処理がされていることも多いようです）
そのＨＤ映像を、家庭用のカメラで記録する場合は、これでもか！と圧縮し、ＨＤＶにしろＡＶＣＨＤにしろ、２４－２５Ｍｂｐｓの極めて低い転送レートの映像にして保存しているに過ぎないのです。
（地デジなどは１６－１７Ｍｂｐｓ）
なんと１／６０にも圧縮された映像など、お話しにならないのですが、現実的にはこれくらい圧縮しないと、今のメディアには入りきらないのと、ＰＣや各機器の能力的にも圧縮せざるを得ないのが現状です。

ちなみに、その圧縮方法を簡単に説明しておきます。
映像は日本のばあい３０コマ／秒の静止画で構成されています。少なくとも従来画質のＴＶやＶＨＳビデオの時代までは、それが保たれていました。
しかしＤＶＤビデオが出始めた頃から、この鉄則は破られてしまいました。ＤＶＤビデオもＭｐｅｇ２の圧縮方法を採用しています。
Ｍｐｅｇ２の場合、まともな静止画は２枚／秒しかなく、その他は直前のコマ（静止画）との「差」の部分の部分デーで補完処理されているのです。
わかりやすく言うと、ちょうど安物アニメで顔の輪郭は変わらず、目や口だけがパクパク動いているのと同じイメージです。
顔の輪郭のセル画が２枚／秒と、口の開いた部分絵と、閉じた部分絵があれば、２－３秒間は４－５枚の静止画で済んでしまいます。
つまり普通は３秒間の映像は３０＊３＝９０枚の静止画が必要なのに、５枚の静止画で済んでしまいます。
つまりこの場合は、１／１８に映像を圧縮できたわけです。
実際はこんなに単純ではありませんが、わかりやすく説明すると、おおよその考え方はそんなものです。


本題の話に戻ります。
ＨＤＶにしろＡＶＣＨＤにしろ、そのまま鑑賞する分には、見た目は別に遜色なく綺麗に見えます。
しかし一旦高圧縮された映像は、既にもとの情報がかなり失われた映像になっています。
これをそのままの形で残すのが、画質をこれ以上低下させない、唯一の方法になります。
これ以降の編集や、各メディア（ＢＤやＤＶＤビデオ、各映像ファイルなど）に変換処理する時点で、またその劣化が加えられることになります。
編集ソフトや、変換ソフトにそれなりの品質のものを使わないと、どうなるかは明白です。
フリーソフトなどは論外の代物です。

ＨＤＶは強いて言うと固定されたビットレートで記録されていますから、動きの速い部分では「部分絵」での対応がしにくく、カクカクした映像になりがちです。
ＡＶＣＨＤは動きはスムースなものの、そのかわり変化のない部分や同じ系統の部分をブロック単位で、塗りつぶしたり目立たないところで輪郭をぼかし、データ量を抑えるきらいがあります。

つまり簡単にいうと、高圧縮されたＨＤＶ映像を、またそれよりも高圧縮のＡＶＣＨＤなどに変換して「保存」するのは愚の骨頂なのです。
一例ですが、ＨＤＶのカクカクの欠点と、ＡＶＣＨＤの隠れた手抜き処理を併せ持った映像にしてしまうからダメですよという意味です。
（ＡＶＣＨＤで撮られたものの「オリジナル保存」は、同様にＭｐｅｇ２などに変換せずに、そのまま、ＡＶＣＨＤのデータのまま保存すべきです。）

むろん最終の姿（ＢＤ・ＤＶＤビデオや各鑑賞用のメディア）では、それらの変換処理はヤムを得ない話ですが、これから編集などが加わる可能性の高い、「オリジナルを保存」という観点からは、絶対に、絶対にお薦めできない方法であるということです。

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補足に対して

②同じHDD内にバックアップファイルを作るにはどうしたらよいのでしょうか？

補足された意味での同じディスク内には、バックアップとしては作れません。というか作っても無意味です。
あくまで物理的に違うＨＤＤを用意して、同じものをコピーします。

世間ではＲＡＩＤという、ミラーリングをお薦めする方もいますが、私は賛成できません。