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35mmというのはフィルムの撮像面のサイズです。
デジタルカメラでも高級機は同じサイズになっていますが、普及機や中級機ではフィルムより小さくなっています。
このため撮像素子の小さな普及機や中級機では、同じレンズを使っても像が1.5倍程度に拡大されたような写真になります。
コンパクトデジカメなども含めると、撮像素子はいろいろなサイズがあります。
これではレンズによってどの程度の画角が得られるのはが分かりにくいので、35mmフィルムを基準としたときに、どの程度の焦点距離のレンズと同等の画角になるかを「35mm換算」で表しています。

ニコンのレンズ互換性は諸刃の刃ですね。
レンズの装着部（レンズマウント）の形状は長年同じものを使っているのですが、機能が大幅に変更されています。
装着が可能といっても、露出計が動かなかったりオートフォーカスが効かなかったりで結構大変です。
そして、機種によって使えるレンズ機能の組み合わせが異なり、非常に分かりにくいものとなっています。

露出が合わないと写真になりませんし、オートフォーカスの一眼レフでマニュアルフォーカスを行うのは苦行です。
ファインダーはピントの確認がしにくく、レンズは手動での微妙なピント調整がやりにくいものになっています。
「カメラ好き」には楽しいものでも、ただの「写真好き」にはとても勧められるものではありません。

D5000やD90は悪くない選択だと思いますが、家にあるレンズがどの程度対応しているか、ニコンのサイトで確認した方がいいと思います。

キャノンは昔、一度レンズマウントの大幅な仕様変更を行っており、その前後での互換性はありません。
そしてマウントが同じであればフィルム時代のレンズでも、大きな制約なしに最新のデジタル一眼レフに使用することができます。
基本的には機種による機能の制約の差もありません。
家にあるキヤノンのレンズがよく使う焦点距離のものであれば、キヤノンのカメラボディを選択するのもアリだと思います。

私は以前からずっとニコンを使いつづけていますし、古いレンズが制約を受けつつも使用できるというメリットも感じてはいます。
しかし「ものづくり」の観点からみると、装着できるレンズは機能が制約なしに使えるというキヤノンの方が正しいような気がします。

いずれにしても家にあるレンズで、実際に現行のカメラで不都合無く使える本数が多い方のメーカーを選んだ方がいいのではないでしょうか。