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どちらも現時点で最新のiPodTouchです。(第４世代)
544jと547jの違いは、内蔵メモリの容量だけです。
544jは32GB、547jは64GBです。
音楽やアプリ、写真など保存できる容量が２倍違います。
データ保存用領域の違いなので、動作するアプリなどに違いはありません。

補足：
MC086Jは、第２世代ですね。わたしは同じ世代の32GBタイプをもってますよ。
いくつか違いを上げますと、
・液晶がRetina対応（解像度が２nd比較で４倍）
・CPUが高速になり、メインメモリが増えた。最新のiOSも利用可能(2ndはiOS4.2までしか利用できなかったはず)
・カメラが両面２つ付いた。写真やHD動画の撮影ができ、WiFi併用でFaceTime（テレビ電話）も利用可能。
・薄く軽くなった
・マイク内蔵（イヤホンマイク無しでSkypeなど利用可能)
・WiFiが11n対応（2ndは11g/bのみ)
といった所でしょうか。
iPhoneでいうと、3Gと4ぐらいな違いがあります。
Dockコネクタに繋ぐものは一部使えないものがあるかもしれませんが、イヤホンマイク(ヘッドホン)やBluetooth系はそのまま同じものが使えると思います。