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カメラがついてますしApple A4(ARM Cortex A8ベース、1Ghz）プロセッサ搭載のおかげでかなりパフォーマンスは上がっています。（ただ３世代目もおなじARM Cortex A8の600Mhzなので相当パフォーマンスはいいのですが）
また液晶サイズはそのままですがRetina Display搭載のおかげで解像度が上がっていて細かい文字もかなり見やすくなっています。
値段以上に便利になっているんじゃないかと。うちは４世代目にしてよかったと思っています。

ただどちらも最新のiOS 4.1はフル機能が利用可能（3rd touchはカメラ関連の機能は除く）ですので、上記の機能がいらないのであれば３世代目touchの中古 or リファビッシュ品を購入するのもありかもしれません。