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最初の候補車のうち、オプティはともかくAE111レビンの安全性は今の車と変わらないと思いますよ。
サイノスなら初代ヴィッツに落ちるかもしれませんが。
走行距離の少ないものを選べば、電装品（パワーウィンドーやランプ、ブロアモーターとか）は故障するかもしれませんが、買うときに20～30万円の予算で、平成１１～１２年式の走行２～３万キロのものが探せますので、安く買った分を修理代にあてれます。

本題のイストですが、初代ヴィッツをベースにちょっと上級モデルとして作られました。だから基本的な部品はヴィッツと共用です。
ヴィッツより大きめのボディで後席の居住性や積載性をよくして、SUVっぽいフェンダーと１５インチタイヤで迫力を出しています。フロントシートもヴィッツとは異なるデザインだったはずです。（グレードによっては共通かもしれませんが）
ヴィッツと同じエンジン＆駆動系で、ヴィッツより若干重い車体を動かしますから、若干は走らないのかもしれません。（同じ1300ccFグレードLエディションで90kgほどイストが重いです）
ただ、乗り比べて分かる程度だと思います。

車体50万円なら、istの1.5SでLエディションを選びます。1300ccモデルやFグレードにもLエディションは設定されていますが、必ずLを選びたいです。
理由はエアコンがオートになったり快適装備が充実するのに、中古車価格ではLでなくても同じ相場だからです。
とはいえ、全体の程度優先になるのですが。

前期後期の違いは、ネッツ店専売車種になった、バンパーやリアハッチ周りの外装デザインが変更された、バンパー下部やサイドステップ周りも同色塗装されるようになった、F系、S系に追加されA系グレードが設定されスポーツグレードにASが設定されたことなどです。A系はスポーティ装備を充実させたグレードでした。
外装関係は好みがあると思いますので、前期後期のどっちが良いかはいえませんが、個人的な印象では後期型の方がすっきりした印象です。