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見たところVQ25直噴エンジンだと思いますが、このタイプのエンジンは縦置き、
横置きに限らずEGRの戻り量が多いためかインテークマニホールドにすすがたまりやすいようです。

マニホールドを外し、清掃すると改善しますがひどい場合はマニホールドの交換が必要になります。
日産の直噴エンジンはほぼハイオク仕様の為レギュラーを入れていると調子が悪くなったり、すすがたまりやすくなります。
販売会社などですすがたまりにくくなるようにエンジンコンピューターのプログラム変更なども可能です。
（質問者様の車のコンピュータが最新バージョンになっていれば無意味ですが・・・）

スロットルバルブは清掃済みのようですがさらに奥まで清掃しないとあまり効果はないですね。

ここまでしても黒煙が出る場合がありますがその時はこの車の特性だと思ってあきらめるしかないと思いますよ。


補足に対して、

個人でも脱着や清掃など出来なくはないと思いますが実際するとなると専用の洗浄剤やガスケットなどが
必要になる為、あまりお勧めしません。ディーラーなどできっちりしてもらうほうがいいと思いますよ。