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おそらく、パソコンのスペックが、HD1の動画を再生しきれるだけの能力を持っていないものと思われます。
下記の紹介記事に、そのような旨のコメントが記載されています。
http://techon.nikkeibp.co.jp/article/NEWS/20060112/112280/?ST=d-ce_PRINT
ここにある、サンプル動画をダウンロードしてみて、スムースに再生できるかお試しください。
同じような現象が起こるようでしたら、パソコンのスペック不足ですので、ファイルをMPEG2やDivXなどに再エンコードするか、HD1の撮影モードをNORMにすることをお考えください。

追加
この記事からすると、CPUの処理能力が一番影響が大きいようで、メモリ容量、HDDの転送速度なども関係してきそうです。
HD1が発売された時点で、大半のパソコンがコマ落ちするというコメントからすると、相当の処理能力がないと、快適に見られないようですね。メーカーのHPでは、Pentium4 3.0GHz以上、メモリ512MB以上(推奨1024MB以上)、ビデオメモリ64MB以上(推奨128MB以上)を再生パソコンの動作環境としていますので、ノートパソコンですと、最新型のものでも厳しいでしょう。
http://www.sanyo-dsc.com/products/lineup/dmx_hd1/spec/index.html#cap_06
エンコードとは、動画のファイル形式を変換することです。今回の場合、画質を落として、ファイルを軽くするための作業と考えていただいていいかと思います。
最も安価なエンコード形式はWindows Media Video方式で、Windows標準もしくはMicrosoftダウンロードセンターから無料でダウンロード可能な、ムービーメーカーというソフトを使えば、WMV形式にエンコード可能です。
エンコード後も、元のMP4ファイルは保存しておいて、パソコンを買い換えられたりしたときに、見られるようにしておくのがよいかと思います。