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黒1色の場合は「イメージ／モード／グレースケール」でグレースケールにした上で「イメージ／モード／モノクロ2階調」にすれば、はっきりくっきりします。

その際、グレースケール→モノクロ2階調の間に「イメージ／色調補正／トーンカーブ」や「イメージ／色調補正／2階調化」で値をいじれば、イメージに近い結果が得られるかと思います。

カラーの場合は、原稿状況や出力状況により様々な方法が想定されるので、ここでは割愛させていただきます。

何にしろ、撮りっぱなしの画像そのままでは、どんなに最新で高性能なスキャナでも使い物になりません（それで満足してしまうのは、クオリティを求めない素人くらいです）。
それをイメージ通りの使える画像にするのがPhotoshopです。スキャン用ソフトとしか使用されていないとすれば、かなりの宝の持ち腐れでは？

ちなみに解像度の方ですが、かなり精密な原稿でなく、かつ原寸使用ならそれで十分だと思います。