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「拡張子」は関係ありません。
拡張子ってのは、ファイル形式の目印であり、
動画のファイル形式、・・・例えば「AVI、WMV、MP4、MKV・・・」というのは、「コンテナ」であり、動画データの入れ物。処理の負荷には係わりません。

エンコード時間というのは、
そのコンテナの中に何が使われているか。それが重要です。
つまり、「コーデック」が重要ってことです。
そして、そのコーデックを使ってどの様な「エンコード設定」でエンコードしているかも重要です。

貴方の提示した動画データというのは、全て「x264」と書かれていますが、つまりコーデックは全て「H.264」って事に成りますね。
その場合は、コーデックが全て同じってことで、動画のエンコード時間の差は、ここでは生まれません。

ということは、エンコード時間に係わる、原因として残るのは、「エンコード設定」です。
「x264 1920×1080」→「x264 1920×1080」
こういう変換をしているようですが、ここに書かれている数字は、エンコード時間には殆ど係わりません。
もっと別の数値、「ビットレート数値」や「H.264レベル」というものも有ります。「CPUのコアをどれだけ占有するか」の設定や、「OS処理の占有度」の設定などもエンコード時間には係わってきます。



ちなみに、「ｘ264」というのはソフトウエアの名前です。「H.264圧縮」をする為のライブラリ（ソフトウエア）の名前です。動画規格の名前ではありません。


【補足】について
当然、ビットレートだけでもエンコード時間は変わります。
計算の為のパラメータが変わる訳ですから。
だからと言って、例えば4000kbpsと8000kbpsでは、時間が倍に成ったりとか、半分に成ったりとかは、しません。