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ワコムの一般向け機種に限って言えば、基本的な機能は何も変わらないと言っても良いでしょう。
ただし、使いやすさの点から言えば、ペン入力の可能範囲が小さなsmallタイプ（147.2×92mm）のものより、midiumタイプ（216.48×137mm）方が使いやすいと思います。
「Bamboo Comic」シリーズにはsmallタイプしかないので、midiumタイプを選択するなら「Bamboo Fun」シリーズの中から選ぶ事になります。

しかし、コミックやイラストを手書きで書く事を目的とするならば、問題が１つだけあります。
それは、バンドルされるソフトウェア（アプリケーション）が異なるという事です。

「Bamboo Comic」には、「IllustStudioMini」や「ComicStudioMini」といった、イラストやコミックを書くためのソフトがバンドルされるのに対し、「Bamboo Fun」には上記ソフトのかわりに、「Photoshop Elements」や「Photo Creator」といった写真編集ソフトがバンドルされるのです。
http://tablet.wacom.co.jp/bamboo/spec/index.html

つまり、ソフトウェアを、別途購入しないのであれば、smallタイプであっても「Bamboo Comic」を購入する方が「お得」という事になります。

あと、pixivへの投稿に当たっては、投稿ファイルの形式が「JPG、GIF、PNG」のいずれかとなります。
これらの形式は、ほとんど全てのペイント系ソフトで対応していますので、上記の「Bamboo Comic」にバンドルソフトだけでも十分だと思います。
もし、上記のソフト以外で使いたいペイント系の作画ソフトがある場合には、「ワコム製タブレットの筆圧機能対応」か否かをチェックしてください。

筆圧機能とは、ペンを強く押さえれば太い線が描画され、弱く押さえれば細い線が描画される機能の事で、イラストを書く上では重要な機能の一つと言えます。

以上の事をご参考に、ご購入頂ければ幸いです。