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結論から言うと、消えません。スキャナーから読み込む限り、何しても。

えと、おそらくそれは、ゴミです。
鉛筆やシャープペンで描くと、消しカスとかが出ます。
目に見えないくらい小さくても、スキャナーは読み取ってしまいます。
少なくする方法はあります。紙をスキャンする前によく払う。スキャナの読み取り部分のガラスを液晶吹き用などのティッシュできれいにふき取る。でも、これは、まず無くなりません。どんな設定をしても、どんなスキャナを使っても。ごみ取り用の機能がある、スキャナでも、です。
もちろん、ＰＣ上のソフトの消しゴムツールで消すことは可能です。ただ、消しゴムツールで消しても、スキャナの設定が悪いと、色むらが出て、ますます汚い画像になります。
高機能なペイントソフト、たとえばフォトショップなら、画像の補正をしたあとに消せば、ゴミくらいはきれいに消せます。色むらも出ません。ただし、絵の線がガタガタになります。補正悪影響で、どうしても、それは避けられません。

ちなみに下に、自分のイラストを、右、頑張ってスキャナ設定して取り込んだもの、左、そのあとフォトショップでいろいろ補正したもの。って、ちっちゃくって、あんまり参考にならない。取り込んだ直後の右にくらべて、左の絵の線がボロボロなのが分かる……そこは心眼で。拡大しても、全体的な色むらとかも見てほしいから、こっちがいい、って、解像度低すぎだろ？ここにのせれる画像。画像処理の専門ページなら、それも考慮に入れて欲しかった。
とにかく、イラスト自体があれなのと、線がシャーペン描きなので、二重線になってたりするのは無視してください。他にいいのなったの！これが縦長で一番横に並べやすかったの！

言いたいのは、線はこれぐらいが限界ということ。

で、解決方法なのですが、
スキャナで取り込む限り、ありません。

一番いいのは、パソコン上に直接ペンタブレットで描くこと。
ゴミは出ませんし、色むらも出ません。
パソコンで見れるイラストの、上手なのが、だいたいＣＧで、取り込んだ画像が少ないのは、
この事情を、描いている皆さんがよく知っているからです。
ソフトに関しましては、線補正のあるＳＡＩや、イラストスタジオなどを使うことがおすすめですが、話が長くなるので、また別途質問を上げるか、多分質問を検索してもあるとは思いますが、とにかく、調べてください。

長文と、お目汚し、失礼でした。