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現行のゲームは基本的にマルチスレッドでの動作を前提としていないのでCPUはアーキテクチャが同じであれば純粋に動作クロックの高いほうが快適に動作します。FF11もマルチスレッドでの動作は前提としていません。

この場合アーキテクチャは同じで6850はコアが2つで動作クロックが上(ついでにメモリバス幅も上)、6600はコアが4つで動作クロックが下なので6850のほうがより「向いている」CPUといえます。逆に4コアでのマルチスレッドを前提にしたアプリケーションであれば立場は逆転します。一般用ではほとんどありませんが。
ただしFF11は今となってはそれほど負荷の高いものではなくなっているので動作自体はどちらを選んでも体感できないレベルの違いしかありませんので将来性(PCがマルチスレッドを前提としたアプリケーションが主流となる)を見越してQ6600を選んでおくのもいいでしょう。

ドライブは上がパラレルATA接続、下がシリアルATA接続で内部配線の違いがあり、810は2層メディアへの書き込み速度が8倍→10倍となっています。パラレルは消え行く規格なので積極的に選ぶ理由がない限り内部エアフローもよくなるシリアルを選んでおくのがいいでしょう。
http://plextor.jp/product/px800a/features.php
http://plextor.jp/product/px810sa/features.php

電源は定格出力が50W違うだけで他の違いはありません。性能や他への影響はおそらくないものと思われます。
そもそもフルロード時で動作が不安定になるような電源を業者が選択したとなればそれは詐欺か欠陥品です。50W程度では動作音にもそれほど違いはないので安いほうを選んでおいていいと思います。