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> ソフトウェアも戻りますか？
HDを丸ごとコピーしたなら、戻ります。勿論windowsも戻るはずなので、初期化したwindowsも元の状態に戻ると思います。
なので、初期化して戻すって全く意味の無いことなんですが…
それとも他の内蔵ドライブに置き換えるという意味でしょうか？

追記
そもそもＨＤＤ丸ごとコピーとは、HDDの様々なデータ（写真からはたまたwindowsのレジストリ値まで）を全て別の一つのイメージファイルに格納することです。技術的には、可逆圧縮の原理です。

つまり、「ホームページビルダーや家計簿ソフト」もバックアップしたHDD（恐らくwindowsと同じCドライブ）に入ってるならばバックアップされていますので、使えます。（ソフトウェア本体は勿論ですがwindowsの構成、レジストリ値も全て元に戻るため）

ですからもちろん修理に出した後に工場出荷状態に戻されても、バックアップしたHDDのデータを入れ替えれば面倒な手間（例えばソフトの入れなおしとか）無しで使えるようになります。
↑これが出来なきゃ「HD革命」の意味がありませんからね…

質問者様の仰るとおり、機器が故障が原因だったなら元気なPCの状態になってくれるはずです。

ただし、修理に出してお金を取られる前に自分でwindowsの問題か機器の故障が原因か確かめられます。
「HD革命」でバックアップを取りましたね？この状態でノートPCを初期化してみて下さい。初期化して正常に動くならwindowsシステムが原因ですよね？まだエラーが続くようなら機器の故障が原因の可能性が高まります。
どっちの結果でも、「HD革命」でバックアップしたデータを再度入れなおせば元に戻ります。

windowsが原因でしたら、windowsの修復機能（システムの復元ではない）を使ってエラー箇所のみを修正できます。ソフトウェアの入れなおしは無いです。
合わせてウィルスチェックもお忘れなく行いください。