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＞初期設定のMBRからGPTに変更すればデータ用HDDとしてなら通常通り使えると聞いたのですがどうなのでしょうか？
その認識で合っています。
MBRでは2TBまでが限界なので、フォーマットの際にGPTの方を選択すれば2TB以上を認識できるようになるはずです。

●フォーマットの手順はこちらを参考
http://review.dospara.co.jp/archives/51887561.html

＞どうかこの二つにお答え下さい
内蔵・外付け（ケース）どちらも問題はありません。
2TBの壁というのが問題なわけで、すでにWin7という条件を満たしている質問者さんの状況ではGPTでフォーマットを選べばOKです。
ケース自体に2TBの制約は無く、GPTだからといって転送速度に違いはありません。
ただしUSB接続にするなら2.0では速度的に厳しい。
これだけの高容量では3.0が理想でしょう。
ただGPTという形式（技術）自体がまだメジャーではないため、まだまだ制約はあります。
外付けHDDにするつもりなら、MBRでフォーマットしたWD20EARXの方がどのPCでも使えるので利便性は高いかもしれませんね。
まあそのPC専用にするつもりならどちらでもいいかと。

ちなみにWD25EZRSにするつもりなら、WD25EZRXの方がSATA600対応のインターフェースなのでお買い得感はあります。

＜補足回答＞
何やらSSDを強く勧めているいる人がいるようですが、データ用にSSDを使え―とでもいうのでしょうかｗ
質問でも「起動用ではなくデータ用」と書いてあるのに…ねぇ。。

ともあれ
＞SATAケーブルとSATAⅡケーブルの違い
SATA6Gbp/ｓには一部ケーブルによる違いはあるようですが、その2つの比較ならあまり違いはないかと。
どちらにせよマザー純正のSATAケーブルなら6Gbp/ｓにも対応しているはずです。
http://momomhf.doorblog.jp/archives/1266788.html

＞インチネジならどれでもいいのか
これもマザーやPCケースに同梱のインチネジをそのまま使えば問題ないかと。
もし無い場合、
PCショップで購入するならHDD用のインチネジと指定買いすればOK。
近所の金物屋で買うとなると少々厄介ですが、下を参考にしてください
http://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q1111834911