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本来「ファン」の付いている面が下を向くように取り付けるのです。

私も以前 電源を後方排気のタイプから質問者様が買われたタイプの電源に交換した時に，確かに取り付けのネジ穴が合わず
上下逆に取り付けて半年ぐらい使用していましたね・・・・
（後に 取り付け方に間違いがあると気がつくのですが）
ケースの形状と言うか，取り付けの穴の関係で正規に取り付けられなくてね。

その後ケースを交換したら，ファンの面が下を向くように取り付けられましたよ。

と言う事は，質問者様が買われた電源ですが，ケースの形状に合っていないように思われます。
現状のまま使われるのは，本来の使用方法からかけ離れるので排熱の関係からいくと宜しくないので
ケースを交換（電源に合うタイプ）した宜しいでしょうね。


補足回答など
＞電源のファンとケース上面の間が１～２cm位しかないのですがやっぱりまずいですよね？
確かに その取り付け方だと天版との隙間が１～２cm有るか無いかになります
当然ですが正常な冷却はできないですね・・・・
後方排気の電源に交換するか又はケースを電源の規格にあうのにするかした方が良いですよ。