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AT互換機でPC-98シリーズのエミュレータが使用できるならば、AT互換機のFDDをエミュレータ内から直接ディスク操作できるように設定し、エミュレータ内でPC-98用のMS-DOSを起動し、FORMATコマンド(MS-DOS5.0A～6.2のみ、オプションなし。Windows95以降ならそれなりのオプションが必要)を実行してください。

実FDDでは2HD-1.44MBしか扱えないのでシステム転送するの選択とディスク形式の選択で2HD-1.44MBを選んで初期化してください。システム転送できなければ後からSYSコマンドでシステム転送します。

PC-98シリーズのIPL(現在の用語ではMBR)が書き込まれていないディスクではPC-98のシステム起動は絶対にできません。

AT互換機でFDにPC-98用のIO.SYS、MSDOS.SYSとCOMMAND.COMを単純にコピーしてデフラグをかけたぐらいではシステム起動はできません。IPL以外にもディスクの先頭から順にIO.SYS、MSDOS.SYSが書き込まれている必要があります。(Windows95以降は可能)

IPLの書き込まれているディスクがあればDEBUGコマンドを使用して、AT互換機上でファイル化しておくことをおすすめしますが、DEBUGコマンドでディスクからMS-DOSの機能を使用しないで直接書き込むことができるので最新の注意が必要であり誤って使用するとHDDやFDの管理情報を破壊して初期化・システムリカバリが必要となります。

よく覚えてませんがパッと頭に浮かぶ症状(理由)を３つほど上げます。

１．SCSIカードのアドレスやら割り込みが何かと競合していて
SCSIカード自体をきちんと認識できていない

たとえばTABキーを押しながら起動すればブートメニューが立ち上がります。
その状態でSCSI HDDは認識してますか？

２．SCSIカードがブートBIOSを積んでない製品のためSCSIブート自体が出来ない
この場合１の起動メニューにも出てこなかったような・・・（うる覚えです）

３．SCSIカードから起動はできるが、ドライブレターの違いなどから
最後まで正常にブートできない。

出ている症状によってこれを見ている人たちの回答も随分変わると思います。


１ならSCSIボードやディップスイッチの設定見直し、
２はSCSIボードのカタログなどで確認、
３ならFS側でFDブートしてSCSI-HDDのConfig.sysやAutoexec.batを弄ってから
V166に繋ぎかえ、とりあえず最低限のDOSがV166側で立ち上がるようにし、ブートFDを無理やり作成する。
あと４として素直に3.5インチのDOSを仕入れるという解も。



そのほか・・・
これは試したことがないですが、V166側のEIDE-HDDをSCSIに変換し
9801FSに繋いで認識するならHDDをフォーマットしてV166側に戻してみるとか。

SCSI-MOドライブをお持ちならMOドライブを使ってブートしてみるとか。
(SCSIオンリーの98環境ではMOブートをよくやってました)