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CPUファンが回転しなくなり、温度が100℃になっている時点でメーカー修理をすべきだったですね。
CPUファンが故障してCPUの温度が上がり、電源が落ちてしまったのです。

ＣＰＵファン以外にも熱によってＣＰＵやメイン基板などが故障している可能性があり、故障していれば交換する必要があります。

自分で分解をした時点で保証はなくなる可能性が高いです。
裏のネジと言ってもメモリ増設やHDD交換をする時に開けるカバーのネジを外しただけであれば保証がなくなる事はないと思われますけど、本体全体の蓋を開けてしまった場合は残念ながら保証は切れてしまいます。
特にネジが残ったという事はどこかネジがない状態の箇所があるという事、メーカーでも一度分解してしまったとされるのです。

ＨＤＤを取り外したのは関係がないと思います。
ＨＤＤを外した時にＣＰＵファンのネジを外した、改造したとかでなければですが・・・

保証期間がある場合はちょっとでも動作に問題がある場合は自分で修理、分解しようとせずに修理に出しましょう。無料修理が出来ますし、メーカー修理なら確実ですから安心して使えるようになります。

有料での修理はしてくれるかもしれませんが、一度メーカーに問い合わせてみてください。