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ＯＳが立ち上がってドライバが当たって安定したら
どうなりますか？
パソコンは起動時はフルリロードになるので
ファンは最大の回転数で回ります
ファンコントローラーに繋がっていればファンコン制御
フェリペラルからの電力供給だと常にフル回転

フル回転はしょうがないとして異音がするような感じで
うるさい場合は、ファンの故障やオイルないしグリス切れ
を疑います グラボならファンの軸にリチウムグリスを注入することで
回転を良くして異音を改善することも可能（不器用だと無理）
ケースファンは、軸に注入できないようになってるので交換
単純に埃の問題ってこともあるのでまずは埃除去してください

参考じゃないけど爆音サーバー動画
http://www.youtube.com/watch?v=o0NFrh0MfEE

追記：
HDDを交換した際にファンに衝撃を与えてしまって
軸ブレを起こしてたりしたらうるさくなることがあります
軸ブレは回転数とは関係なく正常な回転をしなくなるので
異音がしてうるさいです
オイル・グリス切れも軸受けが磨れてうるさくなります

HDDの音がうるさいものを搭載させたことにより
OS起動後の制御までうるさいってことも考えられます

とにかくファンは起動時はマザーボード接続の物は
OSが起動するまでフルリロードになります

ファンの音と分かっていてどうしても気になるなら
回転数の低いものに変えるかファンコントロールを利用してください