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一長一短かと思います。

カメラ側で小さく保存した場合は、仰るとおり短時間で記録できます。ただし、最近は高速で転送できるメディアが普及してきたのであまり利点はないかと思います。

PC側で縮小する場合は、細かい調整が利くという利点があります。
ちょっとした色味の補正やピントの修正などは画像が大きい時点でやったほうがキレイに出来ます。
また、大きいままにしたい時にも対応できます。


画素数・・・・オススメの本がありますよ。鐸木能光先生の「デジカメに1000万画素はいらない」と言う本があります。
確かに、最近のカメラは画素を詰め込みすぎなんですよね。素子の大きさ自体は変わっていないのに、1000万画素も詰め込むとなると、1画素あたりの受光量が減ってしまい、階調のつぶれたのっぺり写真になってしまいます。
http://takuki.com/gabasaku/k-tai.htm

ただ、少なすぎてもまた困るので、デジイチなら600万画素ぐらいが一番良いかとも思います。