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PCの音量調整は、デジタルボリュームです。（電子ボリュームとは違う）
これはPCMデータを演算（引き算）する事でデータを作り変えています。

例えば、CD（16bitのPCM）は96dBのダイナミックレンジがあります。
もしデジタルボリュームで-40dB音量を下げると、全体のデータを40dB分下方へシフトします。
つまり-56dBFS～-96dBFS（微小音）のデータは切り捨てられます。
所謂ビット落ちというやつですね。
つまり実質的なダイナミックレンジは40dB落ちて56dBになります。
結果的にSN比が悪化します。
アナログ出力でもDA変換する場所が違うだけなので、結果は同じ事です。

要するに、理論的には微小データの欠落とノイズの増加（同音量で再生した場合）が起こるので、PCのボリュームは下げないのが原則（音質重視なら）です。
しかし、これはあくまで理論的な話で、実際のデスクトップ環境では、SPの大きさ、アンプの出力、暗騒音などの理由から、96dBのダイナミックレンジは必要ありません。
だいたい70dBもあれば十分でしょう。
だからPCのボリュームも-30ｄBくらいまでなら下げても許容範囲といえるかもしれません。

ちなみに、ある人のブログによれば、Windows7のマスターボリュームの位置が「10」で-33dBくらいだそうです。

ただ、実際に聞こえない微小音であってもデータが失われるのは我慢できない！という人は少なくないでしょう。
そのへんは趣味というか、性格というか、拘りの問題です。