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お察しの通りクラスタギャップの可能性が高いでしょう。
市販の外付けHDDは通常FAT32形式にフォーマットされた状態で出荷されています。
しかしFAT32自体かなり古い形式で、1つのファイルが4GB以上の場合読み込めないなどの欠点があります。
現在の主流はNTFS。
Win7では一応対応はしていますが、サポート対象から外れていると聞いたことがあります。

新しいHDDを購入しているなら一度そちらへデータをバックアップし、FTNS形式でフォーマットしてみてはどうでしょうか。
なおフォーマット（初期化）の際は、右クリックでのフォーマットではなく、ディスクの管理上で行ったほうが信頼性が高いはずです。
http://freesoft.tvbok.com/tips/pc_windows/hdd_windows.html
フォーマットが面倒くさいならコマンドプロンプトで一発変換する方法もありますが、初心者にはお勧めできません。
http://www5f.biglobe.ne.jp/~ayum/sample/filesystem.html

＜補足回答＞
＞一応フォーマットの形式はNTFSにしてあります
なるほど…後考えられる残りの可能性としてブート領域が破損、または外付けHDDの基盤の故障ぐらいでしょうか。
パーティーションおよびMBR（ブート領域）も削除。
フォーマット（クイックではなく通常フォーマット）で再構築し、データをコピーして様子をみてください。

これでも容量に違いが見られるようなら、外付け回路もしくはHDD側の基盤が故障している可能性が高くなります。
外付け式の場合、ケースを解体すれば中のHDDが取り出せます。
私ならケースを解体して中のHDDを内臓HDDとして使いますが（貧乏性なのでｗ）
ただHDD自体が壊れている場合はやってもムダなので、廃棄処分したほうがいいですね。
もしHDDから異音（通常のシーク音ではなくガリガリ…といった感じ）がするならHDDの寿命が近くなっている証拠です。
HDDの平均寿命は2-3年（長くて5年）と言われています。
（私の友人はまだ使えても2年ごとにHDDを交換しています）
3年持てば立派なので、潔く諦めるのも一つの手かもしれません。