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バッファローのNASはLinuxが入った簡易ファイルサーバーのようなもので、USBで繋げる外付けのHDDとはちょっと仕組みが違います。

データの取り出しにはまずはHDDを取り出す必要があり、その時点で無償保証の対象外になるかもという可能性があります。
さらにHDDを取り出しても、まずHDD自体に物理的なエラーがない、データ領域のファイルフォーマットが壊れていないという前提が必要で、それらが正常であれば、Linux系のOSが動作しているPCに繋げばマウントできると思います。
ただ環境によっては文字コードなどの違いもあり、正常にマウントしても2バイト文字が全部文字化けしていたり、Windows特有の文字(丸付数字や1文字の㈱など)をフォルダ/ファイル名に使っていたりすると正常に認識されないということもあります。その場合はsambaやftpを経由させたりなどの工夫も必要です。
この辺の問題がなければ、外付けHDDなどを用意してそちらにそのままコピーするだけで終わります。

まずは保障の問題をどうされるかよく確認されてください。バッファローはその辺かなり融通をきかせてくれることが多いです。
Linux系のOSについては、お持ちでないならubuntuやknoppixがお勧めです。
その上で上記のような問題が発生してしまった場合は、業者に依頼されたほうがと思います。物理障害が出ていないのであれば数万程度で済むこともあります。

お勧めの復旧業者
データレスキューセンター http://www.rescue-center.jp/
オントラック http://www.ontrack-japan.com/