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実際の音聞かなきゃ確かなことは言えませんが、質問文の内容の限りでは、PL-US53APを使ってるのが原因だと思いますけどね。
そもそも、PL-US53APはプラグインパワーマイク用の入力しかなかったはず。なので、AT-MA2のようなライン出力機器の音を入力するような設計になってませんから、その繋ぎ方だとPL-US53APには常時相当な負荷が掛かってることになります。
回路が耐えかねて、数分経ったらノイズが出始めるという症状も、十分有り得ます。

また、逆にPL-US53APのマイク端子には常時電圧が掛かってます（プラグインパワーマイク用電源）けど、AT-MA2の出力端子にはそういう逆電圧がかかることは想定された設計じゃないですから、こっちにもある種の電気負担が掛かっていますので、AT-MA2側でもノイズ源が発生していることも予想されます。

これらが原因で、どちらかの機器がすでに故障している可能性すら有り得ますが、そういう故障は免れているなら、RCAピン端子のライン入力が付いた、もうちょっとまともなオーディオインターフェースに変更すれば、今より改善するんじゃないかと思います。
一例：http://www.soundhouse.co.jp/shop/ProductDetail.asp?Item=181%5EUCA202%5E%5E

追記

あ、先の回答のご指摘もごもっともですが、AT-VD4は最初からアンバランスフォン出力ですから、AT-MA2までは適合してますよ。