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１：
おっしゃるように512MBを2枚抜いて両方とも1GBのものに替えると合計2GBになります。1枚だけ1GBと替えれば合計1.5GBです。

２：
問題ありません。
その機種は本来PC2-4200というメモリ規格ですが、上の規格のものはそのまま使えます。
ですが、PC2-5300を装着しても出るスピードはPC2-4200と同じになります。（数字が大きいほど速いと思ってください）
ちなみに元々のメモリ（PC2-4200）とPC2-5300を混在させても動作します。ただし、スピードはPC2-4200になります。
また、お使いのPCは「デュアルチャネル」に対応していますので、同じメモリを2枚付けることで（簡単に表現すると合わせ技で）スピードアップ効果が得られます。この商品でしたらこれが期待できます。

３：
現在「自動設定」にしていて、特に問題を感じないようでしたらそのままでも構わないと思いますが、手動設定の場合
初期サイズ 1024MB
最大サイズ 4096MB

くらいがちょうどいいと思います。
初期サイズは実メモリの半分程度、最大サイズは1.5倍～（使うアプリケーションの規模に合わせて）くらいがバランスが良いと思います。