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もともとモノラル用ですから、それで正常です。
必要に応じて、編集時にステレオ変換するか、民生用カメラの場合は、次のような変換ケーブルを用いてカメラにつなぐのが一般的です。

・L型ミニプラグS－キャノンメス HOSA XVM101
http://www.soundhouse.co.jp/shop/ProductDetail.asp?Item=394^XVM101^^

最初は、上記のようなケーブルを使い、正常（ステレオ）だったのかな？
もし途中で、片方からになったのであれば、接続コードの不良かプラグ部分の接触不良でしょう。

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捕捉に対して
変換ケーブルで撮影時にステレオ化しておくべきかは、その後の映像の加工状況と映像の使用目的によると思います。

そもそも、ＦＸ７のようなカメラと、特殊なマイクを使って撮影するような内容からして、その後に編集をして音声やＢＧＭをミックスして作品にするとも想定されます。
というような場合は、片チャンネルに現場音、もう一方の片チャンネルに、解説やＢＧＭを入れるというような使い方が出来ます。
テープでの編集時代には、よく使われていました。
（一見邪道な方法にも思えますが、左右のバランスだけで、音声とＢＧＭのレベルを、その都度変えて視聴できるメリットもあります。）

しかし、今はＰＣでのノンリニア編集で、それなりのレベルの編集ソフトを使用すれば、音声トラックをいくつでも使えて、しかもミキシングも自在にできます。むろん両チャンネルに振り分けも。

それなりのレベルのソフトでのだんとつのお勧め
できればこれ
http://www.thomson-canopus.jp/catalog/edius_pro/edius_pro5_index.php
予算的にきびしければ、これ。若干音声ミックス部分の処理が違ってきます。
http://www.thomson-canopus.jp/catalog/edius_neo_2/edius_neo_2_index.php

ＨＤ（ＨＤＶ、ＨＤＤ、メモリ全て含む）の編集には、最低でもこのくらいのソフトはお使いください。
というより、他のソフトとは、ＨＤの編集の考え方がまるで違います。
ＨＤ編集は、ある程度のＰＣの能力が要求されますが、ＨＤ編集の画質・精度・レスポンスは、他のソフトの比ではありません。