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Dolby True HDやDTS HDといったいわゆるHDサラウンドのビットストーム転送はHDMI ver1.3以降でないと出来ません。
ただし、これはHDサウンドに対応したAVアンプとBD再生機とをHDMIケーブル（ver1.3以降）で接続し、HDサウンド対応のBDソフトやゲームを再生したときのみ関係する話です。
それ以外の使用（たとえばDVDソフトや放送番組を視聴するような場合）では光デジタル音声接続してもHDMI接続しても音質は全く変わらないと考えてよいです。

また、HDサウンドに対応したAVアンプはここ数年前からしか発売されていませんし（現行のHDMI搭載型の全てがHDサウンドに対応しているわけでもない）、HD音源を活かすためにはある程度のスピーカーが必要ですしテクニックも必要です。
そうですね、AVアンプと5.1ch分のスピーカーを合わせると大体１５万円程度の予算は欲しいところだと思います。SR4200の中古をお考えのようであればはっきり言って関係ない話と考えてよいでしょうね。

それとこれもHDMI搭載のAVアンプならどれでも対応しているというわけではないのですが、HDMI搭載型の中にはHDMIリンクに対応しているものがあります。

HDMIリンクについては説明するのが面倒なんで簡単にしか説明しませんが、ビエラリンクならビエラリンクに対応したテレビ・レコーダー・AVアンプを揃えることにより電源や音量の連動が出来て便利です。
（HDMIリンクは基本的にメーカー間の互換性がないため全ての機器を同じメーカーで揃える必要があるのですが、オンキョーやヤマハのAVアンプには主要数社のリンクに対応したものがあります）
ま、これもHDMIリンク対応のテレビやレコーダーをお持ちでない場合は関係のない話となります。

SR4200はDolbyDigitalやDTSに対応しているので5.1chまで鳴らす分には特に問題がないのですが、2001年発売と型が古くその中古となると・・・少し怖い気もしますね、あまりお詳しくない人は簡単に手を出さない方が無難かも。当時の定価も38000円と格安モデルですし。

スピーカーをお持ちなのか知りませんが、スピーカーまで買い揃える必要があり4~5万円程度の予算があるなら新品か中古でももう少し高年式のホームシアターシステム（AVアンプとスピーカーがセットになっているもの）を購入された方が良いのではと思います。
オーディオ製品の中古取引はトラブルが結構多いものですからね。逆に格安で手に入ることも多いですけど。ご購入は慎重に。