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改造というよりは入れ替えといったほうがいい、というのはatoさんと同じ意見。
（まあどうでもいいことだけど）

1：動作するでしょう。
但し、OSは入れ直しかな。
オジサンもさすがにOSクリーンインストールなしで二世代飛び越えたチップセットの入れ替えは試したこと無い。
necoさんの仰るとおり、仮にXPであるならAHCIモードのドライバをF6インストールしなくちゃいけない。
IDEモードでもいいというなら別だが、AHCIモードのほうが快適だよ。

2：ダメ
560tiでは無理だ。
560tiのSLIならいけるかもしれない。
Crysisを甘く見てはいけない。

3：お勧めと言ってもね…
大きさは？
使用用途はゲームだけ？
SLIする？
OCする？
PCI-Ex 3.0はどうする？
今度出るIvy Bridgeはどうする？
USB3.0は必要？
SATA3.0は必要？
こういう記載も無しにお勧めと言われてもねぇ…。
取り敢えずASUS、ASRock、GIGABYTE、MSIあたりのメーカーを推奨。
Z68にするかP67又はH67やH61にするかは質問者様次第。
チップセットでの違いはググレば出てくる。
違いを良く吟味する必要がある。
参考
http://kakaku.com/specsearch/0540/
こういうところで自分で検索して探せばいい。

4：個人的な見解だが
Core i7 2600 4コア8スレッド
Core i5 2500 4コア4スレッド
大きな違いはここだけ。
ゲームで6コア（スレッド）とか8コア（スレッド）とか対応しているのって無い。
ゲームが主目的であったり、マルチスレッドを活かすような使い方をしないのであれば2500で十分である。

HDDの構成は
OS、アプリ システム用ストレージ
+
データー倉庫用ストレージ
にしたほうが1台のHDDをパーテーションで別けるより使い勝手はいいし、快適になる。
システム用にSSDを使うという手もある。
OS、ソフトの起動が速くなる。
ゲームの起動、マップの読み込みなどが速くなる。
ただし読み込みが速くなるだけで、CPUの演算処理（例エンコードとか）が速くなる訳ではないので注意。

電源の容量は以下参考
http://www.cost-simulator.com/eco/eco3.html
表の数値はピークパワーであって、実際の消費電力はもっと少ない。
参考
http://www.4gamer.net/games/123/G012385/20110125062/
ただ多少容量が大きくても実害がある訳ではない。
この辺はお好みでどーぞ。
ST75は値段も10000円程度になっているしお手頃ではあるよね。
因みにその電源はオジサンも使っているがいいと思うよ。
もうすぐ2年になるけど、至って安定している。

まあ自作なんだし、他人の意見は参考程度に聞いて「自分の好きに作っちゃう」のが一番いい。