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下に回答のある通り、元々はハイブリッド式は（気化式+加熱式）しかありませんでした。
気化式だと、加湿能力が不十分な場合があるので、必要に応じて水温を上げて水が蒸発しやすいようにしたものです。

ところが、近年になって、新たなハイブリッド式（超音波式+加熱式）が増えてきています。ハイブリッド式というのは単に二方式の複合という意味なので詐欺とはいえませんが、私には、消費者の誤解に乗じて販売しようとしているとしか思えず、その時点で胡散臭いと思ってしまいます。
また、超音波式の危険性は、他方式のように気体の水蒸気を放出せず、液体の微細な水滴を放出するため、この水滴内に雑菌が入ったまま室内に放出することにあります。したがって、定期的に煮沸するという不経済なことをしない限り、加熱を組み合わせてもリスクは無くならないのではと思っています。（この点の説得力のある説明は未だ見ていません。）

したがって、フィルターの有無は、雑菌には関係はありません。

以上のことから、ハイブリッド式購入に当たっては、今のところ（気化式+加熱式）を勧めます。東芝のKA-J60DXは、（気化式+加熱式）ですから、値段も安くて良い商品だと思います。