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ネットにつながるＰＣ３台をルーター直にするという考えは設計思想として真っ当です。でもまあ１ギガになるとＬＡＮポートの処理速度はあまりネックにならないはずですから、基本自由に考えて大丈夫だと思います。特にルーターの方も新調して１ギガになればどうつないでも大丈夫でしょう。

１点だけ、ルーターとハブの間が１本の線でつながることになるので、ＰＣでＮＡＳに頻繁にアクセスするとかＮＡＳに映像データやＣＡＤデータといった巨大なデータが入っているとかいうことになると、ＰＣ３台がルーター直でＮＡＳ３台がハブにある形態は若干遅さが感じられるようになるかもしれません（ルーターが１ギガならあってもわずかだとは思いますが）。
人によってどこにこだわるかは異なりますし使い方も異なるので、実際に色々試してみるとよいと思います。それでも１ギガならそんなに気にするほどの違いは出ないのではないかなという気はします。
インターネット側が混雑しているとそこそこ待ち時間が発生したりはするので、それよりはＮＡＳへのアクセスを常に快適にさせておきたい、というのであれば最初から全部ハブにつないでルーターのＬＡＮ側はハブとだけ１本でつながっているという形もアリです。
機器類の配置によって、近い方につなぐというのでもかまわないです（ＬＡＮケーブルを経済的に使うという思想）。

あまりアドバイスになってないかもしれませんが、気になるほどのネックは発生しなさそうなので、試してみて問題なければそれで大丈夫なのでは？ってところです。

それとＬＡＮケーブルはなるべく新しいものをおすすめします。１ギガだとかなり高い高周波になるので経年劣化が障害や速度低下の元になる可能性があります。高いものというよりは新しいものがよく、ケーブルは消耗品と割り切ってハブやルーターといった機器を新調するような機会にはケーブルも交換した方があとあとトラブらなくてよいと思います。