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AVIUTL
http://spring-fragrance.mints.ne.jp/aviutl/
ここからAVIUTL本体をダウンロードしてください。

http://xvidcodec.blog24.fc2.com/blog-entry-114.html
↑このサイトを参考にしてMP4入力用プラグインを導入してください。
MP4入力用プラグインは基本的に最新のもので構いません。

上記が終わったらAVIUTLを起動。
｢ファイル→環境設定→システムの設定」を開き、画像中赤線の部分(少し見にくいですが)に
それぞれ最大読み込み可能サイズ、リサイズ用の解像度を書き加えます。
一つ目の赤線には、幅1920、高さ1080(この項目は基本的にはずっとこのままでOKです)
二つ目の赤線には、求める解像度を書き加えます。
たとえば1280かけ720であれば、「1280x720」×←バツ、ではなく、「エックス」です。お間違えの無いように。
解像度リストは少し見にくいですが、「 , 」←点で区切りがつけられているのでご注意ください。
普通の点ではありません。半角英数の時の点です。私は名前は分かりません。

上記が終わったら一度AVIUTLを閉じて、再び起動してください。
先程の設定が反映されています。
後はリサイズしたい動画を読み込み、リサイズ後の解像度を指定してエンコードしてください。

動画の読み込み後、「設定」を開き、「クリッピング&リサイズ」をクリック。
タブが出てきますので、そのタブの右上にあるチェックボックス(ちょうど×の真下にあります)にチェックを入れてください。
チェックボックスにチェックを入れないとリサイズ後の解像度を指定しても反映されません。
ご注意ください。
ちなみに、リサイズタブの「上・下・左・右」は、動画のアスペクト比が4：3や16：9以外の物をリサイズする際に使う項目ですので
動画が4：3や16：9であれば特にいじる必要はありません。

～補足～
エンコード自体の設定に関しては別途質問をお願いします。

～補足への回答～
エンコード自体の設定に関しては別途質問をお願いします。