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気のせいではなく、実際に、「電源を入れて聴いたときより2～3時間経ったときの方が音が良い」ことが起きていると思われます。
他の方も言われる通り、質問者さんは優秀な耳と音楽センスをお持ちのようです。

アンプの場合、電源を入れると、トランジスターによって音が増幅され、スピーカーから音が出ます。

この「トランジスターによって音が増幅される」過程では熱が生じ、それをアンプに設けられているヒートシンクから放熱するのですが、トランジスターによる音の増幅は、トランジスターが一定の温度に達した状態で最適になる (そのアンプが出せる最良の音が出せる) ようです。

このことを「ウォームアップ」と称し、オーディオマニアは体験的に知っています。

《追記》
aiflist2007さんが示しておられるリンク先にある、故・長岡鉄男先生の文章？で「ランニング」と書いてあるのが、私の回答で書いた「ウォームアップ」のことです。

『アンプ：

ランニングについては始めに書いた通り、ちゃんとした音のアンプだったら、一時間必要なはずだ。最低でも三十分は必要。これは種類を問わない。プリ・アンプだろうと、パワー・アンプだろうと、Ａ級だろうと、Ｂ級だろうと、ハイ・パワーだろうと、ロー・パワー全てに共通である。エージングはハッキリしないが、ほとんど必要のないものと、数十時間から数一〇〇時間使いこんだ方がよくなるものとがあるようだ。

以上はすべて、中音量で鳴らしている場合のことであって、大音量だと上記の半分の時間でよく、ヴォリューム絞りきりで、ただスイッチを入れておくだけの場合だと二倍の時間を必要とする』

私も概ねそんなものと思います。