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はじめまして♪

基準としてはSA7003のアナログ出力からSR6004へ接続が音質上からも機能からも好ましでしょう。

１、SR6004側の多機能DACは利用せずに、SA7003側の専用DACでデジアナ変換します。
２、SA7003側のCD再生のみが出力され、デジタル信号を光に変換して出力、SR6004側でデジアナ変換
３、SA7003側のCD再生のみが出力され、デジタル信号を出力、SR6004側でデジアナ変換

つまり、SACDの再生はプレーヤー内の高性能DACでしか再生出来ません。また、高機能なAVアンプ側のDACと言ってもサラウンドのデコード等の機能は使いませんから音質的なメリットは無し。

違いと言えば、単にケーブルがステレオ２本なのか、デジタルで１本なのかと言う程度。
実際に通常のCDでどちらの接続がどのように音に変化を与えて、それが聞いた人にとって違いが感じられるかはケースバイケースです。
すくなくとも、デジタル接続ではSACDのフォーマット再生が出来ないという事実と、論理的な考えです。