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Windowsのブートドライブレターはレジストリが管理しています。
論理的にC：などを管理しているため物理的なHDDの位置、接続方法
パーティションの場所などは関係ありません。

レジストリでは物理的に接続された複数のHDDの各パーティションを
デバイスID、パーティションIDで区別し、それぞれにドライブレターを割り振り
ドライブマウントします。

従って現在Ｃ：となっているマウント情報を一度Ｚ：など未使用のドライブレターに
変更し、次にＧ：をＣ：に変更します。
http://support.microsoft.com/kb/223188/ja/#XSLTH3140121123120121120120

このままではWindowsはＧ：をＣ：として認識しますが、起動時(Windows起動前)は
ブートドライブが元のＣ：に指定されています。
これはＣ：￥boot.iniにその情報が記録されているのでブートドライブを
増設したHDDのWindowsをインストールしたパーティションに変更します。
例) default=multi(X)disk(Y)rdisk(Z)partition(W)WINDOWS

X: アダプター番号。x86プラットフォームの場合、常に「0」。
Y: やはり常に「0」。
Z: 「0」から始まるBIOSから見たハードディスクの順番。
W: 「1」から始まるパーティションの番号。

なお、増設HDDをブートドライブにした場合で既存ドライブ(元Cドライブ)に
MBRシグニチャが残ったままの時はfdisk /mbrなどを行って既存ドライブの
MBRシグニチャを削除して下さい。
既存ドライブを領域開放してフォーマットし直すなら多分必要無いと思います。

【補足】
bcdeditで7かvistaのBOOTMGRを書き換えられませんか？
bcdedit /set {ブートするOSのID} device partition=C:
bcdedit /set {ブートマネージャのID} default {ブートするOSのID}
IDとは{8207fdb8-fbb6-11de-83dc-8926d5af1bbc}みたいなやつ。
identifierの文字列です。Windows7だと{bootmgr}とか{current}かも知れない。

現在のブートマネージャがどうなっているか分からないので何とも言えませんが
Windows上のドライブレターが正しくなっていれば、あとは
ブートマネージャの修正で正しくブートできるはずです。