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タブレットドライバは正常にインストールされていますか？まずはそれをご確認ください。
XPからOSを変えた、ということでしたらOSとタブレットドライバが対応していませんから不具合が起きる可能性があります。
正常にインストールできていなければ下記URLにて最新のタブレットドライバのインストールプログラムをダウンロードし、インストールを行ってください。(インストール前には既存のタブレットドライバはアンインストールしてください)
http://tablet.wacom.co.jp/download/down1.html

タブレットドライバが正常にインストールされていてその現象が起きている場合、設定を変更する必要があります。
コントロールパネル→ハードウェアとサウンド→Bambooの設定で設定画面を出します。
そしたら「ペン」のタブに移って、座標検出モードを「ペンモード」にしてください。マッピングも一応確認。

質問文を読む限りはソフト上でなくてもそうなってしまうように思うのですが、ソフトには座標検出モードを変更できるものもあるのでご注意を。

参考になれば幸いです。失礼します。