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Canon EOS７DにEF400mm5.6L IS USMで野鳥を撮ってます。
ピンボケに関してはブレによる原因もあるかと思います。補正があるとは言え２段分なのでテレ端で1/400だと十分考えられます。1/1250でも撮り方次第では十分考えられます。

他には多分これが原因かと思うのですが元々前ピン後ピンの症状ではないかと思います。
工業製品なので個体差があり必ずしもジャスピンになるとは限りません。一度チェックされるといいと思いますよ。
6Dにあるか判りませんがカメラにマイクロアジャスメントと言う機能があり微調整が出来ます。もしズレていてその機能が無ければメーカーに依頼する事になります。これがずれていると一生ジャスピンになりません。稀に来ますが・・絞って被写界深度に入るか本来ピンが外れたのにズレのおかげでピントが合うと言う位です。

EOS6Dはクロス測距が中央だけなので精度の面で言えば中央一点でいいと思います。全点クロスでも大概の方は中央一点かと思います。自分のカメラは19点ですが測距点を広げる設定ではピンが来ない傾向にあると感じます。
これは背景がない航空機撮影でもそう感じます。

AFモードもサーボでいいと思います。親指AFでワンショットとサーボを瞬時に使い分けられる方法も便利だと思います。

どちらにせよ三脚はあったほうが良いです。次いでピントのズレのチェックをすると解決に繋がると思います。

設定には問題ないのでは？ 私も庭に来るHummingbirdを砂糖水ぶら下げて撮ってますがどうしてもAFとズームレンズの相性は良くないようです。 貴方の場合300mm、400mm、の単焦点レンズで試される事を勧めます。

AF設定を変えたりしていますか？
ピント優先や速度変化への追従性等の設定変更を適時行い、AIサーボで中央一点が一番良いと思いますが。

ちなみに静体へのピントは大丈夫ですかね。
レンズのピンがずれている可能性もあるので。

AFはAIサーボで、AFポイントはオートで1点で、シャッター速度良いと思います。
撮影時シャッターが切れファインダーが復帰する最後までレンズは被写体をフォローです。

【飛んでいる鳥にピントを確実に合わせて撮影をしたいんですが】
回答･･･確実なんて無理です。
カワセミを撮っている人に聞いても、ピントが合うのがせいぜい２０％ですね。
ピントがあまいと云うことですが、まず第一は手持ち撮影が原因ではないでしょうか。
シャッタースピードがいくら早くても、シャッターを押すことで、
カメラブレが起きていると思います。
飛翔シーンはやはり三脚が必要です。そしてレリーズも必須。

設定は、被写体にもよりますが、比較的動きの遅いハクチョウやカモ、カモメ等ですから、
ワンショットＡＦでも、ＡＩサーボでもいいかと思いますが、動きの早い被写体では、
ＡＩサーボでは追いつきませんから、ＭＦ(置きピン)になります。
私の場合は、９０％は置きピンです。

ＳＳは、羽の一枚々までピントを合わせたい人、
羽だけは少しブレさせ、動きのある被写体を求める人と、
様々ですので、どのスピードが好いかは、撮影者自身です。

添付写真は、（シャッター速度）1/800

EOS6Dを使っている者です。
連写速度の遅いカメラなので、飛んでいる鳥は苦手な被写体です。

私はこうしています。
必ず連写モードにする。
RAWにせず、JPEGにして連写枚数を稼ぐ。
フォーカスは必ずAIサーボにする。
測距点は中央1点。
ISO感度を出来るだけ上げる。2500以上に。
シャッター速度1/1000秒、絞り9以上にしてピンぼけも防ぐ。
重要：飛び立つ少し前から連写を始めるとずっとピントが合います。
飛び立ってからではAF、MFともに正確なピント合わせは出来ません。

たまに鳥も撮りますが、飛んでる鳥ならＡＩサーボですね。
背景が遠ければ自動選択ＡＦが良いです。
１００-４００は開放が甘いので、Ｆ８で撮ってみてください。
手持ちでＯＫですよ。
（カワセミなら三脚とレリーズと照準器が欲しいけど）