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＞もともとの外付ハードディスクはBUFFALOのHD-S40U2です。中のハードディスクはwestern digitalのWD400でした。
は出荷時にFAT32でフォーマットされた商品だと思います・・
外付けHDDはほとんどフォーマットされています・・

一方新しく買った
＞Hitachi DeskstarのHDT725032VLAT80で、320GBのものです。
は内臓用のバルク品で未フォーマットではないでしょうか？
内臓用のバルク品はほとんど未フォーマットです。

＞USBで接続したときには新しいハードの検出のメッセージが出てコンパネのシステムでみてもドライブが見えるのですが、マイコンピュータで表示されない)。
「デバイスマネージャ」の事とは思いますが、＞ドライブが見える・・との事ですので、
BIOS上でも認識されているがOS上で見えない・・と思われます。

＞少し前に今使用している200GBの内蔵HDDを取り付けて別のパソコンで読み取らせたときには認識しました。
ですので320GBをフォーマットさえすればOS上でも認識するような気がします・・？
フォーマットはしましたか？

もしフォーマットしてもOS「マイコンピュータ」上で認識出来ないのなら、
外付けHDDケースがBigDrive未対応と言う事になります。
（200GBの内蔵HDDは認識できているのにおかしな話ですが・・？）

以下の手順でフォーマットしてください。

USB接続した状態で「マイコンピュータ」右クリック「管理」「ディスクの管理」を開きます。
320GBがディスク1等又は（リムーバルディスク等）として存在するか？確認してください。

あれば右クリックで初期化をします。
自動で「ディスクの初期化と変換ウィザードの開始」が立ちあがると思います。
（すでに初期化が済んで「未割り当て」が出来ていたら右クリック「新しいパーテーション」・・
「プライマリーパーテーション」と進みフォーマットしてください。


USB接続上で「マイコンピュータ」右クリック「管理」「ディスクの管理」で認識していなければ・・
直接本体に内蔵してフォーマットしかありません。

1）320GBのジャンパーピンをスレーブ又はケーブルセレクトとして内臓接続する。
2）起動時BIOSに入り320GBが認識できているか？確認する。
3）再起動しPCを通常どおり起動する。
4）「マイコンピュータ」右クリック「管理」「ディスクの管理」を開きます
5）320GBがディスク1等としてあるか？確認する。（ここで自動的にディスクの初期化と変換ウィザードの開始」が立ち上がればそれに従う。
6）「未割り当て」が出来たら右クリック「新しいパーテーション」「次へ」「プライマリーパーテーション」「次へ」・・
で「フォーマット」をしてください。
7)「フォーマット」後は「マイコンピュータ」に新しく320GBが認識されていると思います。
8）PCを終了し320GBを取り外しジャンパーをマスターにし外付けHDDケースに取り付け確認する。

フォーマット済みのHDDなのに認識できないのなら、
先ほども言いましたが外付けHDDケースが320GB未対応と言う事になると思います・・