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こんにちは。
この現象には私もハマりました。みなさんがおっしゃるようにタスクマネージャー等で現在稼働しているプロセス、サービスを調べても無駄です。これらの監視ツールには表示されませんし、認識もしません。
レジストリやスタートアップ、バッチファイル等を調べてもわかりません。

つまり、一般的にあるツールでは原因がどこのあるかの追及が不可能です。
私の場合、タスクマネージャリストでシステムアイドルが99％であるのにも関わらず、グラフ表示ではCPU負荷60％と矛盾がでる状況にもなりました。つまり60％の負荷はシステム認識外？と思わせる動作です。

この現象についてはGoogleなどで検索するとある程度情報は得られますが、現在のところ解決策がありません。
Microsoftサイトには情報がありません。

解決策としては
HDDを物理フォーマットし、クリーンインストールです。いろいろ試しましたが、それ以外には解決しませんでした。

私の場合メーカー製PCではなく自作なのでOSのみをインストールできますが、メーカー製PCのリカバリCDの場合他のアプリもインストールされてしまうかもしれません。選択可能であればまずOSのみにして状況を見てください。
その後、アプリインストール前に復元ポイントを作成し、インストール後の状況をみながら必要なアプリだけインストールするようにしたらOKだと思いますよ。
同じ状況に陥ったら、まず復元ポイントで戻す。それでもだめなら再度クリーンインストールして、原因のアプリは使用しない。

P.S
言い忘れましたがこの現象の時にディスクアクセスはありません。初めはインデックス作成かな？とも思ったのですがそれはタスクマネージャで確認できますし、パフォーマンスモニタでディスクアクセスを監視すれば一目瞭然。
私はDuo 2.66ですけどインデックス作成時にはCPU負荷1桁程度ですから、Duo 3.0ならも若干低いはず。