質問者が納得HDDの障害のようですが、一度HDDの全セクタをAll'0'でクリアしてはどうですか。
DESTROYをCD-Rに焼いて起動し、all'0'で初期化して下さい。(FDが使えるならFDからも起動できます。DESTROY.TXT参照。)
http://www.vector.co.jp/soft/dos/util/se196626.html
途中でDESTROYが止まったり、再インストールがダメなら、HDDのハード的障害なのでHDDを交換が良いと思います。
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確かにウィルス感...
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