質問者が納得スマートにするなら、純正ナビから、タイムアライメント付きのハードディスクナビなどへ変更することです。
変にハイローコンバーター使って、もう１台のデッキでコントロールとか考えない方がよいと思います。
私はプリウスですが、アルパインのX-088で、言われるような定位が出来ています。他にもカロッツェリアのサイバーナビも同様可能です。
もう一つ、ケンウッドの廉価品サブウーハーではおそらく低音が後ろに引っ張られると思います。つまり低音が前（運転席と助手席
のセンター）から聞こえる様にすることは難しいと思います。
補足...
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