質問者が納得ミッションが冷えている時、ATFは（エンジンオイルでもそうですが）粘度は高い状態です。
ATの場合、変速は油圧によって行われているので、粘度が高いと油圧がスムーズにかからなく、変速ショックが大きくなるのは、どのATでもそのような傾向になります。
また、低いギヤの場合はトルクも高いため変速によるショックは大きくなります。
急に変速ショックが大きくなったのでなければ、問題ないと思います。
余談ですが、走行距離が増えれば次第にAT内にあるクラッチが磨り減り、変速ショックが大きくなります。
その予防...
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