質問者が納得ATの場合、リビルトATミッションと交換するのが最近の主流となっていますので、オーバーホール自体が珍し作業かも知れません。
完全なOHとなるとATは大変ですので、エンジンOHよりもお金がかかるかも知れません。仰るように３０万を超える可能性もあります。
AT/OHを得意とした所であれば、安く済ませてもらえる可能性もありますが、最近ではその存在自体が珍しくもあります。
回答になってませんが、何とも言えない（修理工場による）ですね。
その修理の依頼先では、過去に同様の実績が無く、金額の見積もりが出来ないよ...
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