質問者が納得ナビのフロント&リヤの設定は大丈夫ですか?
もし大丈夫なら、リヤスピーカーが着いてない可能性がありますね。平成15年あたりから、一部の車種で各メーカーオプションのナビ・アップグレードキットみたいなのを頼まないとリヤが着いてないモノがあります。(最近の軽は大抵ソレ)
当時だとハンドルのステアリングスイッチとリヤスピーカーがセットになってメーカーオプションって扱いの可能性が高いですね。
その場合、リヤスピーカーだけ後付けで市販のを着ければ解決しますよ。配線はちゃんと来ているハズなので。
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