質問者が納得エプソンとリコーしかスキャナーが無いので、キャノンは判りませんが、常識的に考えてスキャナーの画像がＪｐｅｇ化出来ないのは不自然です。
フォルダに保存するダイアログフォームか、読み込みソフトの設定項目かに、保存形式の選択があると思うのですが。
同じソフトか判りませんが（ＭＰ493も該当はしています）、以下の説明では
9-1. [ 保存 ] を選択した場合 - ファイルの種類 で切り替えが可能になっています。
http://cweb.canon.jp/e-support/faq/answer/inkjetmf...
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