質問者が納得初期化して普通は軽くなるのが当たり前ですが、重くなったという事は、多分HDDの寿命が来ていると考えられます。
HDはパソコンの部品の中でも劣化しやすい消耗品です。
使い方にもよりますが、5年くらい持てば良い方で、1年持たない場合も有ります。
お持ちのMac mini も4年くらいは使っておられるでしょうからそういった事は十分考えられます。
一度、駄目元で再度初期化インストールを試してみて下さい。
その際、時間がかかりますが、オプションの0書き込みをしてみて下さい。
0書き込みをすると不良セクタはそれで埋め...
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