質問者が納得レジストリファイルに起動に必要な情報を記録するようなタイプのソフトは無理だと思いますよ。
set APPDATA=○○○
は、環境変数のAPPDATAに○○○というデータを入れろという命令です。アプリ側で、APPDATAという環境変数の値を調べると、環境設定ファイルをどこに保存しているのかが解るようになっています。この値の変更はバッチファイル内だけで有効で、システムその物には影響を与えません。
USBメモリで持ち運べるブラウザには、この様な物が有ります。
http://freesoft-100.co...
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