質問者が納得…ストレージ接続モードが
「IDEモード」になっていませんか？
IDEモードだと大量データの読み書きにやたら時間がかかり、
画面が固まったように遅くなることがあります。（俗に言う「プチフリ」）
これを改善するには、ストレージ接続モードを
現在主流の「AHCIモード」に切り替えます。
まず、このブログ記事にあるレジストリキーを変更し、再起動します。
http://freesoft.tvbok.com/tips/optimise_vista/ide_to_ahci.html
再起動時、Windowsが起動...
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