質問者が納得レジストリキーが変更されてしまうことが原因と分かっているのですから、そのレジストリキーを変更できないようにしてみてはいかがでしょうか。
1. 「スタート」→「ファイル名を指定して実行」のボックスに、 regedt32 と入力して OK を押します（regedit ではありません）
2. ご質問に記載されているレジストリキーを展開します。（HKEY_LOCAL_MACHINE ￥SYSTEM ￥CurrentControlSet ￥Control ￥Keyboard Layouts）
3. Keyboard...
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